পশু আণবিক ক্রমগুলির Bayesian MCMC বিশ্লেষণের জন্য ক্রস-প্ল্যাটফর্ম অ্যাপ্লিকেশন
এখনই ডাউনলোড করুন

পশু র‌্যাঙ্কিং ও সারাংশ

পশু ট্যাগ

বিশ্লেষণ Bayesian. MCMC বিশ্লেষণ Bayesian বিশ্লেষণ বিশ্লেষণ আণবিক ক্রম MCMC.

পশু বর্ণনা

আণবিক ক্রম Bayesian এমসিএমসি বিশ্লেষণের জন্য ক্রস-প্ল্যাটফর্ম অ্যাপ্লিকেশন জন্তু (Bayesian বিবর্তনীয় বিশ্লেষণ স্যাম্পলিং গাছ) আণবিক sequences.BEAST থেকে বিবর্তনীয় অনুমান জন্য একটি ফ্রি এবং ওপেন সোর্স অ্যাপ্লিকেশন আণবিক ক্রম Bayesian এমসিএমসি বিশ্লেষণের জন্য একটি ক্রস-প্ল্যাটফর্ম অ্যাপ্লিকেশন। পশু সম্পূর্ণভাবে প্রতি মূলী, সময় মাপা phylogenies কঠোর বা কবে নাগাদ আণবিক ঘড়ি models.BEAST ব্যবহার অনুমিত পুনর্গঠনের phylogenies পদ্ধতি হিসেবে ব্যবহার করা যেতে পারে orientated কিন্তু একটি একক গাছ টপোলজি উপর কন্ডিশনার ছাড়া বিবর্তনীয় অনুমানের পরীক্ষার জন্য একটি কাঠামো হয়। পশু গড় উপর গাছ স্থান থেকে এমসিএমসি ব্যবহার করে, তাই প্রতিটি গাছ তার অবর সম্ভাব্যতা সমানুপাতিক পরিমেয় হয়। এখানে "পশু" এর কিছু মূল বৈশিষ্ট্যগুলি হল: · স্থায়ী হার আণবিক ঘড়ি মডেল। · এটি ডিফল্ট মডেল। গাছ একটি পরিব্যক্তি হার নির্দিষ্ট করে মডেলটির ক্রমাঙ্ক করা যেতে পারে। · চলক হার (কবে নাগাদ) আণবিক ঘড়ি মডেল। · কার্যকরী ড্রুমন্ড, হো, ফিলিপস এবং Rambaut (2006, PLOS জীববিজ্ঞান) এর সম্পর্কহীন নিরুদ্বেগ ঘড়ি মডেল পূর্ণ তলব জন্য নীচে দেখুন। · ডাইভারজেন্স তারিখ অনুমান। · নির্দিষ্ট সাম্প্রতিকতম সাধারণ পূর্বপুরুষ (MRCA) জন্য ডাইভারজেন্সের তারিখ অনুমান করা যেতে পারে। · নন-সমসাময়িক সিকোয়েন্স (! TipDate) আণবিক ঘড়ি মডেল। • কাজ করার সময় সিকোয়েন্স সঙ্গে জড়িত তারিখ পার্থক্য সমগ্র গাছের বয়স এক গুরুত্বপূর্ণ অংশ গঠিত, এই তারিখগুলি মডেল প্রতিকল্পন হার সম্পর্কে তথ্য উৎস প্রদানের মধ্যে অন্তর্ভুক্ত করা যেতে পারে। · সাইট জুড়ে উপকল্পন মডেল বিষমসত্ত্বতা। · বিভিন্ন প্রতিকল্পন মডেলের সাইট বিভিন্ন সেটের জন্য চিহ্নিত করা যাবে। উদাহরণ হিসেবে বলা যায়, প্রতিটি কোডন অবস্থান হার বিষমসত্ত্বতা একটি ভিন্ন প্রতিকল্পন ম্যাট্রিক্স এবং গামা মডেল অনুমতি দেওয়া যেতে পারে। · নমনীয় মডেল নির্দিষ্টকরণ। · মডেল-স্পেসিফিকেশন ফাইল ফরম্যাট যথেষ্ট নমনীয়তা করতে পারবেন। উদাহরণস্বরূপ, এটি প্রতিটি কোডন অবস্থান একটি ভিন্ন হার, হার বিষমসত্ত্বতা একটি ভিন্ন ডিগ্রী কিন্তু একই রূপান্তরটি / transversion অনুপাত আছে উল্লেখ করা সম্ভব। · প্রতিকল্পন মডেলের পরিসীমা। · জন্তু (Bayesian বিবর্তনীয় বিশ্লেষণ স্যাম্পলিং গাছ) আণবিক সিকোয়েন্স থেকে বিবর্তনীয় অনুমান জন্য একটি ফ্রি এবং ওপেন সোর্স অ্যাপ্লিকেশন। · পরামিতি উপর গতকাল দেশের সর্বোচ্চ তাপমাত্রা এর নমনীয় পছন্দ। · কোন প্যারামিটার পূর্বে দেওয়া যেতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, ট্রি রুট বয়স একটি প্রদত্ত গড় সহ একটি সূচকীয় পূর্বে দেওয়া যেতে পারে। · জনসংখ্যার আকার ও প্রবৃদ্ধির Coalescent মডেল। · Coalescent জনসংখ্যা বৃদ্ধির বিভিন্ন মডেলের ব্যবহার করা যাবে। বর্তমানে ধ্রুবক আকার এবং সূচকীয় বৃদ্ধির পাওয়া যায় কিন্তু শীঘ্রই যোগ করা হবে। এই মডেলের মূলত কাজ যেমন গাছে নোড কিন্তু পরামিতি (জনসংখ্যা আকার এবং বৃদ্ধির হার) বয়স উপর গতকাল দেশের সর্বোচ্চ তাপমাত্রা নমুনা এবং এটি আনুমানিক করা যেতে পারে। · মাল্টি রুম coalescent মডেল। · দুই লিঙ্কমুক্ত জিন একই coalescent জনসংখ্যা মডেল কিন্তু একটি ভিন্ন প্রতিকল্পন প্রক্রিয়া এবং গাছ দেওয়া যায়, মাল্টি রুম coalescent অনুমান উৎপাদনের অনুমতি দেয়। · স্থানীয় ঘড়ি আণবিক ঘড়ি মডেল। · গাছে অনুমতি বিভিন্ন clades বিভিন্ন হারে (অথবা প্রকৃতপক্ষে, সম্পূর্ণ ভিন্ন প্রতিকল্পন প্রসেস) আছে। এই রিলিজে নতুন কি: নতুন বৈশিষ্ট: · পশু গুই সংস্করণ বিভিন্ন অপশন অন্যথায় শুধুমাত্র কম্যান্ড-লাইন দ্বারা উপলব্ধ সেট করতে একটি ডায়লগ বক্স প্রদর্শন করুন। বাগ সংশোধন: · ইস্যু 55: এমসিএমসি স্ক্রিন লগ বর্তমানে কাজ করে না। · 70 ইস্যু: সৌন্দর্য এবং যাকে কোডন অবস্থানের মধ্যে পার্টিশন · ইস্যু 72: Beauti উচিত হার্ড সীমা GTR মডেল পরামিতি · ইস্যু 122: জন্য Ctrl-এ Beauti মধ্যে -> ব্যতিক্রম · ইস্যু 127: Beauti পূর্বে প্যানেল, পূর্বে উচ্চ এবং নিম্ন প্রদর্শন করা হয় না · অনন্ত · ইস্যু 128: Beauti: পণ্য সরবরাহ বৃদ্ধি পূর্বে গাছ না জন্য উপলব্ধ · ক্রমাঙ্কন · ইস্যু 146: Beauti: বাইনারি COVARION মডেল · ইস্যু 169: Beauti মধ্যে ফাইলের নাম স্টেম সম্পাদনা সন্নিবেশ ঘটায় · বিন্দু শেষ ঝাঁপ · ইস্যু 173: Beauti: আংশিকভাবে ব্যতিক্রম সংযোগ আছে · ইস্যু 181: Beauti যখন যোগ ডিফল্ট আচরণ করার প্রয়োজনীয়তা বর্ধিতকরণ · লিঙ্ক মুক্ত সব পরে অতিরিক্ত প্রান্তিককরণ · ইস্যু 193: ডায়গনিস্টিক উন্নত অভিসৃতি: এর কম্পিউট কার্যকর আকার · নমুনা concatenating দ্বারা মিলিত রান · ইস্যু 194: Beauti: পূর্বে সেটিং ব্যতিক্রম যখন পরিবর্তন মান · ইস্যু 199: রেখক শো শুধুমাত্র প্রথম লগ ফাইল এন্ট্রি যখন গুণিতক · এন্ট্রি নাম একই · ইস্যু 201: সম্পাদনা এমসিএমসি প্যানেলে ফাইলের নাম স্টেম সন্নিবেশ বিন্দু ঘটায় · শেষ ঝাঁপ · ইস্যু 202: বিল্ড স্ক্রিপ্ট তাই বন্টন ব্যর্থ JDK 1.6 শ্রেণীর উত্পাদক · JDK 1.5 সঙ্গে মেশিনে · ইস্যু 203: Launch4j বাগ NucleotideLikelihoodCore.dll লিংক প্রভাবিত · ইস্যু 204: Beauti: গাছ পূর্বে স্থায়ী সাইজ নোড ক্রমাঙ্কন জন্য কাজ করছে না · ইস্যু 205: বাজে তথ্য জানালা ব্যবহার কনসোলে অদৃশ্য · প্যারামিটারের পশু চালানোর জন্য · ইস্যু 209: প্যাথোজেন ডোজ কম্পাইল না · ইস্যু 211: Beauti: অ্যামিনো অ্যাসিড সাইটে মডেল XML ভুল · ইস্যু 212: পশু লিনাক্স সংস্করণ: প্রয়োজন chmod 755 * · ইস্যু 215: ম্যাক প্যাকেজিং জন্য ডিফল্ট মেমরি বরাদ্দ খুবই ছোট · ইস্যু 216: লিনাক্স প্যাকেজিং জন্য ডিফল্ট মেমরি বরাদ্দ খুবই ছোট · ইস্যু 217: Mac OS X এর প্যাকেজিং সমস্যা · ইস্যু 218: BeastMain অপশন ত্রুটি দান ডায়লগ "অবৈধ এন্ট্রি মান · 1 এবং 21474863647 এর মধ্যে হওয়া উচিত " · ইস্যু 220: শেল স্ক্রিপ্ট কমান্ড লাইন মধ্যে Beast আরম্ভ করার জন্য মানিয়ে নিতে পারে না · পথে স্পেস দিয়ে। · ইস্যু 221: Reweight Beauti প্রতিকল্পন মডেল অপারেটার · ইস্যু 222: 'treeLikelihood' এর নামকরণ যখন মাত্র 1 পার্টিশন · 223 ইস্যু: একটি অ্যাট্রিবিউট হিসাবে 'অপারেটর বিশ্লেষণ' ফাইলের নাম সেট করুন · এমসিএমসি উপাদান · ইস্যু 225: TreePartitionCoalescent বিদ্যমান নয় · ইস্যু 226: release_parsers.properties মধ্যে পারজার আপডেট থাকা দরকার · ইস্যু 227: ফিক্স BeastDoc পশু ব্যবহারকারীদের জন্য ট্যাগ ডক জেনারেট করতে · ইস্যু 229: পরীক্ষার ফ্রেমওয়ার্ক আরেকটি ব্যর্থতা · ইস্যু 231: বিলম্ব কর্মক্ষমতা পরিমাপের পর পর্যন্ত শুরু · পূর্ণ মূল্যায়ন · ইস্যু 232: ম্যাক (? উইন্ডোস) পশু সংস্করণ কনসোল ত্রুটি বন্ধ · ইস্যু 234: dreaded করুন ত্রুটি একটি বিট "প্রাথমিক অবর শূন্য হয়" · ডিবাগ করার আরো বন্ধুত্বপূর্ণ · ইস্যু 236: dr.evomodel.operators.TraitGibbsOperator সঙ্গে সদৃশ হয় · পারেন release_parser.properties বা BeastParser.java মধ্যে পারজার · ইস্যু 237: Beauti: taxon সেট হ্যান্ডলিং না বহু-গাছ পার্টিশন · ইস্যু 238: 'নিদর্শন' এর নামকরণ যখন মাত্র 1 পার্টিশন · ইস্যু 240: Beauti: ডিফল্ট treeLikelihood এর useAmbiguities হওয়া উচিত · বিনায় Covarion জন্য সত্য যেমন · ইস্যু 242: Beauti: একটি চেক বক্স-এ useAmbiguities চয়ন করতে তৈরি · বাইনারি ডেটার জন্য treeLikelihood · ইস্যু 244: জরুরী: ডিফল্ট পূর্বে পর্যালোচনা · ইস্যু 247: Beauti: frequecies ভুল এক্সএমএল গবেষণামূলক বাইনারি নির্বাচন · COVARION মডেল · ইস্যু 248: Beauti ব্যতিক্রম (* পশু) যখন একটি জন্য কিছু একই taxa লিঙ্ক মোট প্রদত্ত বিভিন্ন taxa দ্বারা · গাছ মডেল · ইস্যু 250: Beauti: বহু-জিন জন্য ভুল প্রান্তিককরণ ব্লক তা চয়ন করার · "খালি প্রান্তিককরণ তৈরি করুন" · ইস্যু 253: Beauti ডিফল্ট গতকাল দেশের সর্বোচ্চ তাপমাত্রা যখন চেক করতে একটি পপ-আপ বক্স যোগ · ক্লিক পশু ফাইল তৈরি · ইস্যু 254: Beauti উৎপন্ন এক্সএমএল বোতাম সমস্ত ডেটা পর নিষ্ক্রিয় হওয়া উচিত · পার্টিশন মুছে · ইস্যু 255: মুক্তি সংস্করণের জন্য ডিফল্টরূপে পার্সার সতর্কবার্তা বন্ধ করুন · ইস্যু 256: Beauti: XML- এর মন্তব্য যোগ করুন "skyride.logPopSize লগ একক · অসদৃশ অন্যান্য popSize " · ইস্যু 257: Beauti: বাইনারি ডেটা এবং একাধিক পার্টিশন উৎপন্ন না · SiteModel সঠিকভাবে · ইস্যু 259: Beauti: ম্যাক OS এমসিএমসি প্যানেল সমস্যা · ইস্যু 260: Beauti: সঠিক ইংরেজি · ইস্যু 261: ID নাল সঙ্গে বিশ্লেষণ করার সময় ত্রুটি উপাদান · ইস্যু 262: testCataclysmCoalescent.xml ভুল এক্সএমএল · ইস্যু 264: ImportException জন্য সংখ্যা বিন্যাস ত্রুটি

পশু সম্পর্কিত সফটওয়্যার